Pupeny dřevin dělíme podle růstového základu na pupeny listové, květní nebo kombinované. Podle postavení na větvičce pak rozlišujeme pupeny vstřícné (dva proti sobě), střídavě postavené či nahodile postavené. U některých dřevin jsou pupeny překryty šupinami. Pupeny představují zárodečnou tkáň rostlin, ve které jsou obsaženy látky potřebné pro jejich další

Jírovec maďal (Aesculum hippocastanum) - pupeny jsou vstřícné, pokryté šupinami a lepkavé (hlavně vrcholový), mají tmavě hnědou barvu, na větvičkách jsou zřetelné listové jizvy (stopy po opadu listu).
Jasan ztepilý (Fraxinus excelsior) - pupeny jsou vstřícné, pýřité a mají černou barvu, vrcholový pupen je větší než postranní pupeny, je čtyřhranný a špičatý; mladé větvičky jsou v blízkosti pupenů smáčknuté a mají olivově zelenou barvu.
Buk lesní (Fagus sylvatica) - pupeny jsou střídavé, vřetenovitého tvaru, až 2cm dlouhé, ostře špičaté a mají skořicově hnědou barvu, postranní pupeny velmi odstávají od větvičky.
Jeřáb ptačí (Sorbus aucuparia) - pupeny jsou střídavé, vejčitě kuželovitého tvaru, často přes 1cm dlouhé, černofialové barvy, porostlé bílými chloupky; postranní pupeny jsou přitisklé k větvičce.
Jednou z moderních léčebných metod je medicína pupenů (ve formě kapek s výtažky pupenů stromů, keřů nebo rostlin). V roce 1952 jako první připravil výtažek z pupenů břízy belgický lékař Paul Henry a původně ji nazval blastoterapií (léčení zárodečnými látkami).