České dráhy jsou největí dopravce v České republice s komplexní nabídkou cestování pro cyklisty a téměř jedinou společností, která nabízí přepravu jízdních kol na větí vzdálenosti. České dráhy na rozdíl od autobusů nabízejí přepravu kol nejen sezónně nebo o víkendech, ale celoročně a kadý den.
Kolo jako spoluzavazadlo
Nejjednoduí a mezi cyklisty nejoblíbenějí je přeprava jízdního kola jako spoluzavazadla. Touto formou lze přepravovat kola ve vlacích, které jsou v jízdním řádu označeny symbolem jízdního kola a v omezené míře i v dalích osobních spojích a v rychlících. Cestující si sám kolo naloí a vyloí do vozu, který je označen piktogramem jízdního kola. Pokud je v jízdním řádu u vlaku

Cena za přepravu kola jako spoluzavazadla je 25 Kč za jeden vlak, nebo 50 Kč na celý den. Cestujícím, kteří vyuijí více spojů, se vyplatí celodenní doklad. Stejně jako poplatek za přepravu v jednom vlaku ho mohou koupit v pokladně nebo bez přiráky u průvodčího ve vlaku.
Kolo v úschově během přepravy
Druhou moností přepravy jízdního kola je tzv. úschova během přepravy. V tomto případě cestující předá a následně ve své cílové stanici si vyzvedne jízdní kolo u sluebního vozu u zaměstnance Českých drah. Zákazník pak sám cestuje v běném voze pro cestující a kolo má pod dozorem vlakový doprovod. Za tuto přepravu v jednom vlaku zaplatí cestující 30 Kč a nebo si můe koupit celodenní doklad za 60 Kč. Pokud zákazník kombinuje při své cestě vlaky se zjednoduenou přepravou a úschovou, pak platí tento doklad pro obě tyto sluby.
Rezervace pro kolo
Pokud chce mít cestující garantované místo při své plánované cestě, pak si můe rezervovat i místo pro jízdní kolo. Některé vlaky jsou předevím z kapacitních důvodů dokonce povinně místenkové. Je to větina vlaků SuperCity, EuroCity nebo InterCity s přepravou jízdních kol.
S kolem do zahraničí
České dráhy jsou téměř jediný dopravce v Česku, který zajiuje snadnou

Pro cesty s kolem na Slovensko vak platí jiné podmínky. Cena za přepravu kola z České republiky na Slovensko je stejná jako u vnitrostátní přepravy, tedy 25 nebo 30 Kč, ale platí jen do výstupní stanice z přímého vlaku z Česka.
Speciální cyklovlaky a půjčovny kol
České dráhy vypravují v některých oblastech se zvýeným zájmem o cykloturistiku také speciální cyklovlaky, případně posilují vybrané spoje. Nejznámějí je vlak s názvem Cykloturistika, který jezdí od dubna do konce října kadý víkend z Prahy do Slaného po trati nedaleko známé zříceniny hradu Okoř. Podobné vlaky se speciálně upravenými vagóny pro cyklisty vak jezdí ve vrcholné cyklistické sezóně i na umavě, na Krunohorskou Moldavu nebo z Liberce do Tanvaldu a dále do Harrachova a na dalích místech České republiky.
České dráhy nabízejí ve vybraných prázdninových regionech také půjčovny kol se zvýhodněnými podmínkami pro jejich přepravu na vybraných tratích.