Studie produkce jablek dokazují, že půda na ekologické farmě je zdravější. Jako důkaz přináší výsledky měření: zvýšení biodiversity, větší množství organické složky v půdě a zlepšení chemických a fyzických vlastností půdy. Zlepšení kvality půdy při ekologické produkci jablek může vést k měřitelným zvýšením nutričních hodnot jablečné produkce, zlepšení chutě a delší skladovatelnosti.

Ekologické zemědělství může za určitých okolnosti zpozdit příchod takzvaného efektu „zředění" (dilution effect). Ve stovkách studií vědci ukázali, že vyšší množství hnojiva má negativní dopad na hustotu určitých živin ve sklízených plodinách, proto se efekt nazývá efektem „zředění" (živin). Konkrétním příkladem jsou rajčata hnojená ekologickými hnojivy. Ta produkují stálou koncentraci prospěšných fenolických sekundárních metabolitů rostlin a antioxidantů, dokonce když ovoce vyroste větší. Naopak u stejných kultivarů rajčat pěstovaných konvenčně s běžnými hnojivy, koncentrace těchto látek klesá s velikostí vypěstovaného plodu.
Studie 27 kultivarů ekologicky pěstovaného špenátu dokázala významně vyšší koncentrace flavonoidů a vitamínu C a nižší koncentraci dusičnanů. Dusičnany v potravě se považují za škodlivé pro zdraví lidského těla, protože mohou způsobovat vznik karcinogenních sloučenin (nitrosaminů) v zažívacím traktu a mohou přeměnit hemoglobin na formu, která již není schopna roznášet kyslík v krevním oběhu.

Metody ekologického hnojení půdy, které používají snadno dostupné formy živin, speciálně dusík, zlepšují konfiguraci genové exprese rostlin tak, že vedou k efektivnější asimilaci dusíku a uhlíku v rajčatech. Toto zlepšení v efektivitě využívání živin vede k tomu, že listy rostlin mají více energie na výrobu prospěšných sekundárních metabolitů rostlin, což zvyšuje jejich zdraví stejně jako zdraví konzumenta.