Za hlavní poruchu je považována nepravidelná menstruace, a to jakákoliv odchylka od menstruačního cyklu a normálního průběhu menstruace, hlavně v intervalech mezi periodami, v délce krvácení nebo množství ztracené krve. Pravidelná menstruace záleží především na cyklické produkci estrogenních hormonů a progesteronu, protože úkolem těchto hormonů je regulace pravidelnosti menstruačního cyklu.

Nepravidelnost může mít řadu příčin, například stres, cestování nebo změna metody hormonální antikoncepce. Také může ukazovat na poruchy v pánevní oblasti, jako jsou například myomy nebo endometrióza či zánětlivá onemocnění. Další častou poruchou je dysmenorea, bolestivá menstruace, její příčiny jsou ale většinou neznámé. V mnoha případech zase může nepravidelnost menstruace být známkou onemocnění dělohy, vaječníků, pánevní oblasti nebo - ale to už je většinou příjemná porucha - může být známkou předpokládaného těhotenství.

Další příčinou také může být tzv. vnitřní horkost. Je to následek rychlého a stresujícího života, nadměrných anebo potlačovaných emocí, která vzniká ze stagnace energie jater. Tato porucha se pozná podle krve, jednou je jí málo a jindy hodně, má rudou barvu z horkosti a jsou v ní sraženiny. Horkost také doprovází rozpínavé bolesti v podbřišku a prsou, podrážděnost, změny nálad před menstruací, depresivní nálady, pocit hořkosti a sucha v ústech.

V dnešní době je také častou příčinou poruchy menstuace hubnutí. Z honby za štíhlostí a dietními potravinami bývá předčasná menstruace způsobená oslabením energie, která vznikne vyčerpáním a zachlazením slinivky. Tato energie nedokáže udržovat krev v cévách a ta se vylévá. Hlavními příznaky bývá fyzická i psychická únava, slabost končetin, snížená chuť k jídlu, nadýmaní po jídle, bušení srdce a zadýchávání se i při minimální činnosti, tendence k otékání a rychlým změnám hmotnosti, silná menstruace se světlou a řídkou krví, bledý, oteklý a nadměrně vlhký jazyk s otisky po stranách.

Poruchou je také tzv. menorrhagia, což je krvácení mimo období menstruačního cyklu. Většinou trvá několik hodin až 2 dny a bývá doprovázena bolestí. Další je například hypermenoreoa, silné krvácení trvající déle než 8 dnů a příčinou může být organická změna dělohy, systémové onemocnění ledvin, kardiovaskulární, poruchy štítné žlázy, avitaminóza vitaminu C a B a jiné.

Dalšími poruchami jsou primární a sekundární amenorea. Primární je pokud žena nezačala menstruovat do 15. roku věku a příčinou může být porucha na úrovni hypotalamu-hypofýzy nebo vaječníků. Sekundární je absence menstruačního krvácení u ženy, která měla dříve normální cykly a příčinou jsou hormonální změny spolu s psychogenním faktorem. Amenorea se také může vyskytnout při náhlém větším poklesu hmotnosti, u sportovkyň vlivem zátěže nebo při obezitě a stresu.

Jako porucha je také označován předčasný nástup menstruace u dívek před 9. rokem života. Pokud dívka dostane menstruaci takto brzy, je nutné vyloučit nádor vaječníku, nádor či zánět mozku nebo genetické příčiny. Naopak porucha by se také měla začít hledat, pokud se neobjeví do 15 let života, ale v 80 % případů je zpoždění rodinné, dědičné.

Pravidelné menstruační bolesti má až 40 - 80 % žen.